这时，南云突击编队正冒暴风雨在北太平洋航进，按此电令后一如既往，仍沿阿留申群岛和中途岛之间的原定航线继续前进。虽然波涛汹涌，又须进行海上加油，航行相当艰难，然而令人担心的美国舰船、飞机以及其他国家的船只却未出现。11月30日和12月6日，突击流队的警戒船只两次进行海上加油。12月7日晨，这支编队进至中途岛以东600海里巡逻圈以外水域时，南云司令官下令，径直向瓦胡岛方向航进。
先遣部队的27艘潜艇，皆于7日晚以前驶抵战场；进入规定位置、第1潜艇队在瓦胡岛以北展开，第2潜艇队封锁瓦胡岛的东西海峡，第3潜艇队扼守珍珠港的湾口。特别攻击队于7日夜从水下接近珍珠港入口后，将所携带的袖珍潜艇放入水中。后者先后向港内驶去；准备在航空兵开始袭击之后从水下对敌舰船实施鱼雷攻击。要地侦察队所属的潜艇，均于7日前完成了规定的侦察任务，并将所获的敌情报告给指挥部。
8日1时30分，突击编队抵达瓦胡岛以北230海里处，南云司令官命令突击机群起飞。第1攻击波183架日机，由洲田海军中佐担任空中指挥，在空中编好队形后，于1时45分从云层之上飞向瓦胡岛。约于3时20分，渊田率领突击机群飞临目标上空，并下令开始攻击。持续至4时前后陆续返航。