西班牙医生米格尔·塞尔维特（Miguel Servet）对三位一体有着自己独到的观点，他不皈依任何派系，因而敏感地意识到这种激进所在。他参考《圣经》经文和阿拉伯语资料，认为历史上的基督只是一个人，而不是一个神。他遭到路德宗和天主教徒的迫害，在日内瓦逗留期间被认出并被捕。加尔文多番奔走，确保他于1557年10月27日在日内瓦城门外被处决。塞尔维特被活活烧死，上帝的荣耀得到确立，就连平日里很平和的墨兰顿也拍手称快。只有塞巴斯蒂安·卡斯特利奥（Sebastian Castellio）——他曾是加尔文的弟子，现在是加尔文的反对者——一针见血地说：“杀死一个人并不意味着捍卫一条教义，这意味着杀死了一个人。”在一个更黑暗的时期，1936年，作家斯蒂芬·茨威格称赞他是反对暴力捍卫良心的英雄。然而，加尔文继续进行他的火焰布道：反对一切偏离正确路线的人，反对反三位一体论者，反对再洗礼派，反对灵性论者，反对犹太人，反对不坚决的温和派还有那些热爱俗世的人文主义者。1564年他去世后，勃艮第的泰奥多尔·德·贝扎（Théodore de Bèze，1519—1605），一位神学家和杰出的希腊学家，成为他的继任者。