从他的统治刚一开始，他就面临着路德的鼓动在德国激起的暴乱。在教皇反对他当皇帝的情况下，他有理由支持宗教改革。但是他生长在西班牙，这是各国中天主教最为盛行的地方，他下决心反对路德。因此，他与支持新教的各诸侯尤其是萨克森选帝侯发生了冲突。他发现自己正处在将要使基督教世界分化成两个敌对阵营的分裂的开端中。他真心诚意的想弥补这个裂口，但最终失败。德国又发生了波及全国的农民革命，这是一场把政治问题和宗教纠纷纠缠在一起的骚乱。同时，这次内部的混乱又混入了来自东西方对帝国的夹击。西边是他精神上的对手弗朗西斯一世，东边则是非常活跃的土耳其人，他们现在在匈牙利，与弗朗西斯结成联盟，并向奥地利的一些统治区域索取进贡。查理虽能自由控制西班牙的金钱和军队，但要得到德国的任何有效的资金援助都是相当困难的。他在社会和政治上所遇到的麻烦又混入了财政危机，他被迫借债，但这将使他破产。
总的来说，查理联合亨利八世成功地对抗了弗朗西斯一世和土耳其人。他们交战的主战场在意大利北部，双方的将帅都很平庸；他们的进退，主要看是否有援军到来。日耳曼人侵入法国，进攻马赛没有成功，只好退回意大利，却失去米兰，并被围困在帕维亚。弗朗西斯一世对帕维亚进行了长时间的围攻，被德国新到的援军击败，受伤被俘。但这也促成了害怕查理势力过大的教皇和亨利八世联合起来反对查理。波旁将军率领的德国军队在米兰因为领不到军饷，强迫而不是跟随其统帅进攻罗马。他们攻下这个城池并大肆劫掠（1527年）。在掠夺和屠杀进行的时候，教皇躲在圣安极乐城堡避难。最终他花了40万金币才遣走德军。这场长达10年的混战拖穷了整个欧洲。最后，查理皇帝在意大利取得了胜利。1530年，他在波伦亚接受了教皇加冕，他是最后一个由教皇加冕的德国皇帝。